Históricamente se ha considerado al religioso franciscano Fray Juan de San Miguel, como el fundador de Uruapan en el año de 1533. Algunos historiadores dicen que por el día 1 o 2 de octubre, y que por aproximación al día 4, día de San Francisco, eligió a este como patrono de Uruapan.
Los libros parroquiales se remontan a 1627. En 1767 los franciscanos cedieron la parroquia al clero diocesano. Luis de Hermida y su vicario Francisco Corza, fueron los primeros servidores del clero diocesano. Ya para 1770 había escuela parroquial.
Todos los cronistas afirman que la Huatápera, es el primer edificio que se construyó en Uruapan, y al mismo tiempo se construyó la primera iglesia que se pondría en servicio, antes que la Parroquia: La Capilla de Nuestra Señora de la Purísima Concepción. Esta Capilla era de piedra y sirvió de Parroquia por varios años. En el año 1890 fue demolida porque se encontraba abandonada y en ruinas, y en su lugar se construyó, gracias a la iniciativa del Señor Cura D. Manuel Sandoval, el actual Santuario de la Inmaculada Concepción.
La Parroquia de San Francisco se construyó en el centro de la ciudad y al principio la construcción era de adobe, de bóveda de cañón, de estilo franciscano. En la actualidad se le han hecho restauraciones para su mantenimiento, pero siempre conservando su originalidad.
Actualmente la Parroquia es atendida por el Pbro. Silvestre Aguilar Pérez quien es el párroco desde el año 2003, acompañado de dos sacerdotes y cuatro religiosas Hermanas Franciscanas de Jesús crucificado. Quienes atienden al templo de la Inmaculada Concepción y a las 17 capillas que pertenecen a la Parroquia.
